陈旭鹏-哈佛大学

今年暑假我在Harvard的Jeff Lichtman实验室做了两个月的暑期科研,和思言在同一个实验室做一个课题,下面简单谈一谈我的感受。

刚到实验室的时候发现跟自己想象的有点偏差,因为安排的课题包含了大量的不用动脑的体力活,而我之前做的都是计算相关的工作,我们的数据质量又很差,没有办法用计算的方法来自动的做,而且招我们过来的博士后学长正好离开了实验室,因此开始的两三周处于一种略微混乱的状态。不过幸运的是和Lichtman lab一直有深入合作的Hanspeter lab的博士后学长donglai非常热心,给我们安排了一些计算的课题做,同时国内的课题也花费了我大量时间,因此一直也没有闲着。而且因祸得福的是,因为没有带我们的博士后,因此Jeff在接下来的一个多月里成为了我们的Mentor,每天平均会花超过半个小时的时间和我们细致的讨论课题,甚至包括每一个技术细节,在这个过程中真的让我们学到了很多东西。我们在实验室的工作基本分成了主要课题的推进,在我们的数据上做一个自动化的pipeline以及在祖迪学长的带领下做一个利用深度学习模型检测突触的位置的方法。整个暑假的时间都相当紧凑,最后实验室导师对我们的工作比较满意,在突触检测问题上我们也有了不少进展,可以说还是有不小的收获的。

我觉得波士顿是一个很安静的城市,可能平时都活动在Cambridge,人们的文化水平也比较高,又没有很强的大城市的匆忙感。因为暑研的课题有层出不穷的问题,还要同时兼顾主要课题和另一个计算相关的课题,同时国内的实验室的工作也需要远程完成,因此并没有抽出来空好好游览波士顿的历史人文景点,不过每天坐地铁都能路过查尔斯河,能眺望到河岸市中心的高楼,感觉非常美丽。离进城最近的一次是去麻省总医院参观了一圈,据说是世界上第一个用乙醚做手术的地方,在MGH有很多专职做科研的研究人员,貌似都归在了哈佛医学院下面。波士顿整个夏天都很凉爽,其实整个夏天需要开空调的时间也就两周左右,在实验室一直开着空调更是常常会让人感觉到很冷。另外波士顿的地铁真的是相当的脏乱差,不过会一直运营到很晚,晚上十一点多地铁上还是有挺多人的,安全性还算可以。

在做暑研的过程中让我印象很深刻的一点是导师对学生的尊重,平时总能看到导师特别的忙,但是因为没有人带我们,就每天花半个小时以上的时间来找我们,和我们聊天,但是又不强迫我们执行他的想法,而是认真的和我们讨论,听取我们的想法,并且非常支持我们的观点,哪怕我们的观点和思路是有问题的,也会以非常和蔼的方法循循善诱让我们发现问题,这种随和温柔的教育方式让我非常喜欢。实验室里还有一些非常厉害的研究人员,包括一些年纪比较大的一直留在实验室的研究员,基本到了无所不能的地步,会非常耐心地解决我的每一个小问题。

另一个让我很受启发的一点是实验室对技术的重视和依赖,实验室研究的连接组学是一个极其依靠大数据,成像,计算机视觉技术的学科,可以说没有这些技术日新月异的变化,就根本无法完成以TB和PB计的数据的分析和重构,我一直都非常推崇和追逐新技术,在这里我切实地感觉到了诸如深度学习这样的技术的意义,比如实验室的一套人脑的数据的自动重构,需要Google使用他们10%左右的计算资源才能跑一个深度学习模型来完成自动重构,来完成人可能需要花费数十年才能完成的事情。先进的技术可能会取代和淘汰一部分人工,也会帮助我们完成一些过去无法想象的事情。

最后我觉得Jeff在我们临走前给我们讲的他对科研的发展变化的思考让我很受启发,他说几十年前很少的数据就可以有很大的发现,如今可能分析海量的数据也只能得到一个很小的发现,但是分析海量数据的工具和体系并不够完善,对人的要求也高了不少,我想这让新一代的科研人员也面临着巨大的挑战,我想我们应该努力掌握更多的,学科交叉的技术,一些计算的、编程相关的技术,我想这些技术会在未来融入到生物学科的方方面面并且深刻地影响着生物学科的未来,而且未来更多新的发现都将有赖于对更大量数据的整合和挖掘。