2018 春季第二次journal club
4月28日，学堂班开展了2018年第二次Journal Club。本次JC讨论的文章是YY1 Is a Structural Regulator of Enhancer-Promoter Loops，这篇文章是麻省理工学院Richard Young团队在转录结构因子方面的研究成果。
演讲开始前，颉伟老师简要介绍了增强子在基因表达中的重要作用于当前的研究困境。
在以往的研究中，研究者们认为阴阳一号蛋白（YY1）是一种既能促进基因转录又能抑制基因转录的转录因子，而这篇文章的作者们发现YY1是增强子与启动子间成环的关键结构性蛋白。作者们综合使用了多种新技术，如ChIP-seq、ChIA-PET、HiChIP、4C-seq等，发现YY1具有以下特征：
* 可以结合与连接增强子与启动子。
* 调控大量基因表达，对细胞生存有重要作用。
* 在多种哺乳动物细胞中广泛表达。
* 可以二聚化形成DNA环。
通过比较与分析，作者们最终认为YY1是增强子与启动子间成环的关键结构性蛋白。
在演讲结束后，同学们和指导老师展开了热烈的讨论。针对几个话题的讨论非常重要：
* 文章中使用的各种新生物学技术。很多技术是用于检测三维基因组之间的相互作用，一些同学并不熟悉，因此演讲同学又进行了更加细致的讲解和结果分析。
* YY1抑制基因转录的原理和作用。文章在这一部分语焉不详，仅有一些概略性的研究，同学们也提出了一些可能的思路和原理。
* RNA在YY1二聚化成环之中的作用。文章仅说明了RNA促进YY1二聚化成环，却没有确定RNA的种类以及作用的具体原理，同学们对此进行了质疑与深入思考。
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总体来讲，这篇论文虽然使用的技术多而新，但逻辑比较清晰，同学们能够比较好地理解文章的思路，也对三维基因组、基因表达调控有了更深的了解。
