2019春季学期第一次journal club

4月13日，学堂班举办了本学期的第一次journal club。这也是六字班的同学们第一次正式作为journal club的主讲人进行汇报。本次journal club中，大家讨论的是一篇题目为“Visualizing DNA folding and RNA in embryos at single-cell resolution”的文章。本次的主讲人是：郝悦钧、朱亦韬、赵絜青、李祉怡、邢妍枫、陈家润，指导老师是颉伟老师、杨扬老师和王新泉老师。

首先，颉伟老师为同学们做了一个关于这篇文章的overview，向大家介绍了相关背景知识，如基因组三维结构的重要意义、TAD的结构和增强子等。之后，由主讲同学们介绍文章的主要内容。

这篇文章是一篇技术导向的文章，主要介绍了作者开发的一种新的成像技术：ORCA (Optical Reconstruction of Chromatin Architecture). 这项技术被用于观测真核细胞染色质的三维三维结构，相比于先前的技术，它具有很多优点，如：可以允许单细胞水平的成像、具有更高的分辨率、具有相对较高的通量等。ORCA本身借鉴了随机光学重构显微技术（STORM）的原理，利用带有荧光基团的DNA探针以及strand displacement等技术，实现了对染色质三维结构较高分辨率的成像。作者以果蝇染色质上的BX-C区域作为案例，使用ORCA技术对其三维结构进行了研究。

通过ORCA技术，作者首先尝试研究在果蝇胚胎的不同细胞类型中是否存在BX-C区域的不同的三维特征。得益于ORCA技术较高的分辨率和可靠性，作者证明了这种细胞类型间染色质三维结构的异质性是存在的。此外，作者还尝试利用ORCA技术预测BX-C区域中的增强子，还对其中的TADs的边界的特征做了分析。

主讲同学们在介绍完这篇文章的主要内容后，也对这篇文章的优点和不足提出了自己的看法，并且也向大家介绍了若干篇介绍了类似工作的文章。接下来，听众同学们和主讲的同学们进行了互动，对文中的一些技术难点和技术应用的拓展展开了讨论。在颉伟老师这一组，大家还对“生物学是discovery-driven还是technology-driven的？”这一问题展开了热烈的讨论。最后，指导老师们对主讲同学的演讲技巧和展示效果进行了点评，指出了同学们的强项和不足之处。无论是主讲同学还是下面做听众的同学们，都从这次journal club中收获了很多。